環(huán)境管理體系認(rèn)證程序大致上分為以下四個(gè)階段：

一、受理申請(qǐng)方的申請(qǐng)
   申請(qǐng)認(rèn)證的組織首先要綜合考慮各認(rèn)證機(jī)構(gòu)的權(quán)威性、信譽(yù)和費(fèi)用等方面的因素，然后選擇合適的認(rèn)證機(jī)構(gòu)，并與其取得聯(lián)系，提出環(huán)境管理體系認(rèn)證申請(qǐng)。認(rèn)證機(jī)構(gòu)接到申請(qǐng)方的正式申請(qǐng)書(shū)之后，將對(duì)申請(qǐng)方的申請(qǐng)文件進(jìn)行初步的審查，如果符合申請(qǐng)要求，與其簽訂管理體系審核/注冊(cè)合同，確定受理其申請(qǐng)。

二、環(huán)境管理體系審核
    在整個(gè)認(rèn)證過(guò)程中，對(duì)申請(qǐng)方的環(huán)境管理體系的審核是最關(guān)鍵的環(huán)節(jié)。認(rèn)證機(jī)構(gòu)正式受理申請(qǐng)方的申請(qǐng)之后，迅速組成一個(gè)審核小組，并任命一個(gè)審核組長(zhǎng)，審核組中至少有一名具有該審核范圍專(zhuān)業(yè)項(xiàng)目種類(lèi)的專(zhuān)業(yè)審核人員或技術(shù)專(zhuān)家，協(xié)助審核組進(jìn)行審核工作。
    審核工作大致分為3步：    

1.文件審核 對(duì)申請(qǐng)方提交的準(zhǔn)備文件進(jìn)行詳細(xì)的審查，這是實(shí)施現(xiàn)場(chǎng)審核基礎(chǔ)工作。申請(qǐng)方需要編寫(xiě)好其環(huán)境管理體系文件，在審核過(guò)程中，若發(fā)現(xiàn)申請(qǐng)方的EMS手冊(cè)不符合要求，則由其采取有效糾正措施直至符合要求。認(rèn)證機(jī)構(gòu)對(duì)這些文件進(jìn)行認(rèn)真審核之后，如果認(rèn)為合格，就準(zhǔn)備進(jìn)入現(xiàn)場(chǎng)審核階段。    

2.現(xiàn)場(chǎng)審核 在完成對(duì)申請(qǐng)方的文件審查和預(yù)審基礎(chǔ)上，審核組長(zhǎng)要制定一個(gè)審核計(jì)劃，告知申請(qǐng)方并征求申請(qǐng)方的意見(jiàn)，申請(qǐng)方接到審核計(jì)劃之后，如果對(duì)審核計(jì)劃的某些條款或安排有不同意見(jiàn)，立即通知審核組長(zhǎng)或認(rèn)證機(jī)構(gòu)，并在現(xiàn)場(chǎng)審核前解決好這些問(wèn)題。解決好這些問(wèn)題之后，審核組正式實(shí)施現(xiàn)場(chǎng)審核，主要目的就是通過(guò)對(duì)申請(qǐng)方進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)實(shí)地考察，驗(yàn)證EMS手冊(cè)、程序文件和作業(yè)指導(dǎo)書(shū)等一系列文件的實(shí)際執(zhí)行情況，從而來(lái)評(píng)價(jià)該環(huán)境管理體系運(yùn)行的有效性，判別申請(qǐng)方建立的環(huán)境管理體系和ISO14001標(biāo)準(zhǔn)是否相符合。在實(shí)施現(xiàn)場(chǎng)審核過(guò)程中，審核小組每天都要進(jìn)行內(nèi)部討論，由審核組長(zhǎng)主持，全體審核員參加，對(duì)本次審核的結(jié)構(gòu)進(jìn)行全面的評(píng)定，確定現(xiàn)場(chǎng)審核中發(fā)現(xiàn)的哪些不符合情況需寫(xiě)成不符合項(xiàng)報(bào)告及其嚴(yán)重程度。    

3.跟蹤審核 申請(qǐng)方按照審核計(jì)劃與認(rèn)證機(jī)構(gòu)商定時(shí)間糾正發(fā)現(xiàn)的不符合項(xiàng)，糾正措施完成之后遞交認(rèn)證機(jī)構(gòu)。認(rèn)證機(jī)構(gòu)收到材料后，組織原來(lái)的審核小組的成員對(duì)糾正措施的效果進(jìn)行跟蹤審核。如果審核結(jié)果表明被審核方報(bào)來(lái)的材料詳細(xì)確實(shí)，則可以進(jìn)入注冊(cè)階段的工作。

三、報(bào)批并頒發(fā)證書(shū)
    根據(jù)注冊(cè)材料上報(bào)清單的要求，審核組長(zhǎng)對(duì)上報(bào)材料進(jìn)行整理并填寫(xiě)注冊(cè)推薦表，該表最后上交認(rèn)證機(jī)構(gòu)進(jìn)行復(fù)審，如果合格，認(rèn)證機(jī)構(gòu)將編制并發(fā)放證書(shū)，將該申請(qǐng)方列入獲證目錄，申請(qǐng)方可以通過(guò)各種媒介來(lái)宣傳，并可以在產(chǎn)品上加貼注冊(cè)標(biāo)識(shí)。

四、監(jiān)督檢查及復(fù)審、換證
    在證書(shū)有效期限內(nèi)，認(rèn)證機(jī)構(gòu)對(duì)獲證企業(yè)進(jìn)行監(jiān)督檢查，以保證該環(huán)境管理體系符合ISO14001標(biāo)準(zhǔn)要求，并能夠切實(shí)、有效地運(yùn)行。證書(shū)有效期滿后，或者企業(yè)的認(rèn)證范圍、模式、機(jī)構(gòu)名稱(chēng)等發(fā)生重大變化后，該認(rèn)證機(jī)構(gòu)受理企業(yè)的換證申請(qǐng)，以保證企業(yè)不斷改進(jìn)和完善其環(huán)境管理體系。